Profondamente rimaneggiata nel corso dei secoli, principalmente nel 1690. All'interno della chiesa si possono trovare numerose e rilevanti opere d'arte. L'opera più importante presente nella chiesa è il cosiddetto Trittico Pittorico Fiammingo, considerato il più bel quadro fiammingo in Sicilia ed attribuito al Memling, al Van Eyche o a Van der Weyden. Di fronte si trova il grande Trittico della Visitazione, opera cinquecentesca del pittore spagnolo Joan Matta, assieme a due tempere e oli su tela sempre dello stesso autore: La Strage degli Innocenti e il Martirio dei Diecimila Martiri. Vi si trovano anche una Madonna con Bambino in marmo di Domenico Gagini e una tela dello Zoppo di Gangi che rappresenta il Trionfo dell'Eucarestia e la Natività del Signore.